Hay de todo, de verdad de todo. Las diferencias en general son:
1.- Las "gringas" comienzan el VIN con 1HD y las "nacionales" (o vendidas en agencia de méxico) con 5HD.
2.- Millas por Km en el velocímetro (stock).
3.- Titulo de propiedad en gringas y factura de agencia (o empresa según el caso).
4.- Pedimento de importación (debidamente registrado ante hacienda, puedes revisar el código QR en la app del SAT para comprobar).
5.- Varias empresas de seguros no aseguran motos "legalizadas o gringas", otras simplemente no te la aseguran por robo o coberturas amplias.

Son varios detalles a tomar en cuenta y finalmente depende de las necesidades o uso que le quieras dar a la moto.
*En lo personal prefiero una nacional por el simple hecho de marcar km y no millas (desde la secundaria em caga el sistema inglés ni pedo).

P.D. Otro tema son los colores del titulo (azul, verde, rosa, etc.) Si puedes pagar por un servicio CARFAX para revisar a detalle el historial vale mucho la pena.

Ojalá otros foreros con mayor experiencia en esto de las importadas pueda comentar con mas acierto o mas a detalle.

Ese tip del carfax está chingon, en USA si o si debes tener seguro y a huevo qué hay registro de los siniestros que haya tenido esa moto si es el caso.

En México hay una versión parecida pero en motos no sé qué tan completa esté, se llama Transunion.

Suerte !